系统生物学 - (EPUB全文下载)

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书籍内容：

第一卷
第1章 复杂系统的研究方法
第2章 等级层次理论
第3章 系统生物学是一门整合不同数据的交叉学科
第二卷
第4章 网络和网络系统生物学
第5章 阶层网络
第6章 生物网络模体
第7章 生成随机网络的算法
第8章 常用的网络分析软件
第三卷
第9章 新兴的高通量测序技术
第10章 第二、三代测序技术间的过渡
第11章 总结
第四卷
第12章 新兴高通量测序技术
第13章 新兴高通量测序技术在组蛋白修饰研究中的应用
第14章 未来测序技术面临的挑战
第五卷
第15章 质谱的基本原理
第16章 生物分析物的分离
第六卷
第17章 定量蛋白质组学
第18章 基于串联质谱的蛋白质定性分析
第19章 常用同位素标记定量蛋白组学方法
第20章 无标记定量蛋白质组学
第21章 格式转化软件
第22章 蛋白质组学数据分析平台
第七卷
第23章 亚蛋白质组学
第24章 糖基化蛋白质组
第25章 多肽组学
第八卷
第26章 CMS/LCMS 代谢组学分析
第27章 发展与展望
第九卷
第28章 基因调控网络
第29章 因特网上的数据库和工具
第十卷
第30章 组学数据库
第31章 GEO基因表达数据的存储结构
第32章 生物途径网络数据库
第33章 基因本体注释和分类
第34章 蛋白结构数据库PDB
第35章 TRANSFAC和EPD转录子数据库
第36章 BRENDA数据库
第37章 基因组微阵列
第38章 生物系统建模工具
第十一卷
第39章 蛋白质与其他分子相互作用
第40章 蛋白质小分子结合位点的预测
第41章 蛋白质DNA 结合位点预测算法
第十二卷
第42章 系统生物学模拟工具
第43章 MathSBML软件具体应用
第44章 CellDesigner 的主要特征
第45章 Cytoscape数据整合及网络显示分析平台软件
第46章 最佳子集法1925.5MS定量生物分析
第1章 复杂系统的研究方法
对一个复杂系统的研究，我们经常会问这样的问题，这个复杂系统是由什么构成的？怎么会是这样一个结构？为什么会是这样？要解答这些问题，我们必须有一个很清晰的思路，包括了解以下几个方面：①系统的逻辑性——这个系统应该遵循一个逻辑规律；②系统的因果关系——这个系统有因果关系的规律，即一个物体、一个过程、一个现象在逻辑上造成这种现象的原因；③有机结构的原理——即一个系统有一个有机的组织形式，所以每个系统的各个组成部分的过程都可以形成一个有机的结构，即形成一个有机的系统；④系统的可分性——在逻辑上一个系统可以分为亚系统和组成部分，这些亚系统的组成部分是可以研究的，它们的特征是可以被定义的，但是为了防止无限制地将系统进行分解，一般会假定系统有一个最小的组成部分——不可分的组成部分，如在化学上把原子作为最小的组成部分。
在历史上，研究复杂系统的方法有三种，包括还原论（Reductionism）、神圣论（holism）和一般系统理论（General systems theory）。
1.还原论
在过去的两三个世纪中，还原论（Reductionism）尤其运用于物理学和化学，并取得了极大的成功。还原论可以分为几种不同的形式。
第一种还原论形式是根本性的还原论（Ontological reductionism）。根据这一理论，任何一个复杂系统都可以用其组成部分的特征来描述，所以严格意义上说仅仅是其组成部分的总和。持这种理论的人认为，所有系统的组成部分都按照自然界的法则组合在一起，假如有新的特征而不能用它的组成部分来解释，那是因为对其组成部分的了解还不彻底，或者有新的组成部分还未发现，因此必须继续寻找它的组成部分。这种根本性的还原论，在科学研究方面已经很少有人相信，但它在过去的几个世纪中，对机械理论甚至包括生物学上的解剖学、形态学、细胞学等的发展起了很重要的作用。
第二种还原论形式是在方法学上的还原论（Methodological reductionism），这是一种研究的手段，利用一个替代系统来研究所要研究的系统，即用一个模型来研究和描述复杂系统。持这种还原论观点的人，也接受系统的新的涌现性。该观点的一个典型的例子就是hertz和Rosen所提出的hertzRosen模拟关系（hertzRosen modeling relation）（hertz，1994；Rosen，2000），他们指出一个复杂系统常常不能用一个单一的和最大的模型来进行足够的描述和模拟，要对一个系统进行满意的模拟，常需要多个互补的模型对该系统进行模拟和解释。
2.神圣论
神圣论（holism）的观点认为，把一个系统的组成部分放在一起并不能产生它的整体（如有机生命体）或解释它所有的行为和特征。极端神圣论认为，一些超自然的创造力决定一个复杂系统的整体性和特征。然而，在科学界很少有人持极端神圣论。目前，比较常见的神圣观认为，一个复杂系统的各个组成部分之间是有一系列联系的，如果把这些组成部分单独地分开，它们的联系就不存在了。
目前，很多生物学家采用还原论的方法来研究复杂系统，但是当他们分析和解释各自数据的时候，又常抱着一定的神圣观。有人认为，在生物学中把生命的各个组成部分分开进行研究时，破坏了生命整体的一些最重要特征，使整体特征研究变得非常困难。
3.一般系统理论
一般系统理论（General systems theory）包括它的变体（如控制论）、系统研究和系统思维。它是研究系统功能和组织的一门学科。一般系统理论通常有如下假定：
①作为一个整体来说，系统的行为和功能是有一定规律的；
②系统行为和功能的规律不能由组成部分的特征来显示，所以各组成部分的规律并不能体现整体系统的行为和规律。
系统理论在于克服还原论和还原论方法的一些缺陷。Ludwig von Bertalanffy最早建立了一般系统理论的学说。他在《一般系统论》一书中指出，系统的普遍性质有系统整体性、关联性、动态性、有序性和预决性。
从20世纪50年代起，系统论在实践中得到了很大的发展。目前，一般系统理 ............

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